В 1966 году в г. Пущино был создан Филиал МГУ для подготовки совместно с Академией наук высококвалифицированных научных кадров в области молекулярной и физико–химической биологии. В 1968 году он был преобразован в Учебно–научный филиал биолого–почвенного факультета в г.Пущино. Директором Филиала был назначен академик А.С. Спирин. По инициативе ректора МГУ И.Г. Петровского и ведущих ученых в области молекулярной биологии академика А.Н. Белозерского и академика А.С. Спирина организация и проведение учебного процесса в Филиале были поручены открытой на биолого–почвенном факультете в 1971 году кафедре физико–химической биологии (заведующий кафедрой профессор Ф.Ф. Литвин). В 1997 году Филиал был вновь преобразован в Филиал МГУ и его директором назначен академик Владимир Анатольевич Шувалов.
Начиная с 1968 года, в Филиале ежегодно проходили летнюю практику студенты биологического факультета МГУ. Теоретические и практические навыки обучения получали студенты из других вузов.
АН СССР, а затем Российская академия наук всегда оказывали поддержку Филиалу в создании комплекса практикумов, оснащенных современным оборудованием, и создании с помощью научных сотрудников институтов Пущинского научного центра широкого набора задач, осваиваемых студентами с учетом специфики кафедр.
Центр бережно хранит традиции летних практик студентов, позволяющие сегодня обучать студентов МГУ на высоком уровне.